De geschiedenis van Bonenburg gaat terug op een 17e eeuwse ambtsjonker van Heerde, die uit het adellijke geslacht Van Boinenburg genaamd Honstein stamde en die zich aan de Grift in Heerde een adellijk huis liet bouwen dat hij de naam gaf van zijn familie: Bonenburg. Nog heden getuigen muurankers met het jaartal 1633 van het jaar waarin de bouw van dit huis vermoedelijk voltooid werd.
In 1850 werd het huis in een verkoopadvertentie omschreven als de ‘Havezathe Bonenburg’ bestaande uit ‘het HEERENHUIS, met nog twee HUIZEN, TUINEN, BOUW- en WEILAND, opgaande BOOMEN en HAKHOUT, [s]taande en gelegen aan het Kanaal en op eenen geringen afstand van [e]en Grindweg, te Heerde’. Het huis werd omschreven als ‘alleraangenaamst gelegen’ en ‘bestaande in kapitale , door eene Gracht omringde Heeren-Huizinge, voorzien van onderscheidene ruime, behangene en geplafonneerde Kamers, Keuken, Kelders, Zolders en verdere Gemakken’. Voorts was er ‘een Koetshuis, waarin Stalling voor Paarden en Koeijen, Duiventil, Groote Tuin, met fijne Vruchtboomen beplant, Bouw- en Weiland, Hakhout, opgaande Boomen, enz.’ Het geheel was ruim 66 bunders groot ‘met uitgestrekte Jagt en Visscherij’. Het huis werd bij de veiling ingezet op f 27.110,-.
In 1851 kwam het huis in het bezit van het geslacht Van Regteren Altena, dat is terug te vinden in het blauwe boekje van het Nederland’s Patriciaat. De familienaam doet denken aan het adellijke Overijsselse geslacht van de graven Van Rechteren Limpurg, maar de stamreeks van de familie Van Regteren Altena gaat terug op Jan Altena, die in 1663 geboren werd. De familie vestigde zich als kooplieden in Amsterdam en in 1805 werd Martinus Altena geboren, die bij zijn doop ingeschreven werd met de naam van zijn moeder, Grietje van Regteren, waardoor de dubbele achternaam Van Regteren Altena ontstond.
Deze Martinus van Regteren Altena (1805-1881) was ook koopman, maar kocht in 1851 de buitenplaats Bonenburg in Heerde, die hij liet verbouwen en verfraaien. Vervolgens woonden hier zijn zoon en kleinzoon, die niet langer koopman waren, maar zich landeigenaar noemden. De dochter van de laatste, Clara Elisabeth van Regteren Altena (1898-1973), huwde in 1920 geheel op stand de kapitein bij de artillerie jonkheer Willem Frederik de Villeneuve (1883-1960), maar het huwelijk bleef kinderloos en hield nog geen vier jaar stand. Zij sloot niet lang daarna een in haar kringen nogal opmerkelijk huwelijk met de Oostenrijker Franz Carl Benedict Mathias Roha (1866-1935), die in zijn tijd enige faam als operazanger genoot en ging met hem in Wenen wonen.
Bonenburg werd in 1953 door de familie Van Regteren Altena verkocht aan het Geldersch Landschap & Kasteelen en het huis werd in latere jaren aan een particulier verkocht, waardoor huis en landgoed van elkaar gescheiden werden. In de jaren 1990-1992 werd het door een nieuwe eigenaar smaakvol gerestaureerd en het staat inmiddels alweer enige tijd te koop. Voor een filmpje van makelaar Drieklomp met beelden van de binnen- en buitenkant, zie: www.youtube.com/embed/w9rUW7A2Bqw
